工程预算设计部门应当加强以下几个方面的工作：
1）工程预算项目的设计单要严把质量关，保证所提交的工程设计具有较高的质量；
2）应当明确职责并与奖金挂钩，发挥绩效的积极作用；
3）应当有计划有目标地培养技术骨干，通过请专家来对企业员工进行培训、单位工程竣工验收程序：工程竣工验收由建设单位组织勘察、工程预算编制、施工、监理等单位和其他有关方面的专家进行工程验收。（1）单位工程完工后，施工单位自行组织检查评定，并向建设单位提出交工验收投告。（2）建设单位收到工程验收报告后，应由建设单位（项目）负责人组织施工（合分包单位）、工程预算编制、监理等单位（项目）负责人进行单位（子单位）工程验收。
对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
施工企业为了增加盈余，就必须在预算造价范围内，努力改善经营管理，提高劳动生产率，降低各种消耗。因此，建筑工程预算是施工企业加强经济核算、考核工程建设成本的依据。施工企业编制施工计划和统计完成工作量的依据。施工企业对所承担的建设项目施工准备的各项计划(包括施工进度计划、材料供应计划、劳动力安排计划、机具调配计划、财务计划等)的编制，都是以批准的抚州工程预算为依据的。抚州工程预算有单位工程预算、单项工程预算和建设项目总预算。在单位工程预算的基础上汇总所有各单位工程抚州工程预算，成为单项工程施工预算；再汇总各所有单项抚州工程预算，便是一个建设项目建筑安装工程的总预算。单位工程预算包括建筑工程预算和设备安装工程预算。建筑工程预算按其工程性质分为一般土建工程预算、水暖工程预算（包括室内外给排水工程、采暖通风工程、煤气工程等）、电气照明工程预算、弱电工程预算、特殊构筑物（水塔、烟囱和工业管道工程）等。设备安装工程预算科分为机械设备安装工程预算、电气设备安装工程预算和热力安装工程预算等。
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。